İçerik
Bir agaroz jeli üzerinde DNA örnekleri çalıştırdıktan ve bir resim çektikten sonra, daha sonra bunun için sonuçları kaydedebilir, sonuçları analiz edebilir ve yorumlayabilirsiniz. Aradığınız şey türleri denemenizin niteliğine bağlı olacaktır. Örneğin, DNA parmağını yapıyorsanız, iki örnekdeki DNA parçalarının boyutunu - şüpheliden ve olay yeri örneğinden - belki de karşılaştırmak isteyeceksiniz. Bakterilerin plazmitleri ile çalışıyorsanız, bunun aksine, plazmidin eki içerdiğinden emin olmanız gerekebilir. Sonuç olarak, jeli nasıl yorumladığınız, kısmen yaptığınız deneye bağlı olacaktır. Bununla birlikte, uygulayabileceğiniz bazı genel kurallar vardır.
Resmin üstünden başlayarak, her bir bandın mesafesini jelin "standart" şeridinde (yani merdiven) ölçün. Standartlar şeridi, halihazırda büyüklüğü bilinen DNA parçalarını içermektedir, bu nedenle denemenize başlamadan önce her birinin boyutunu zaten bilmelisiniz. Ayrıca, her numune şeridinde bantların kat ettiği mesafeyi ölçün.
Her standart ve her bandın mesafesini jelin dibine kadar olan mesafeden ikiye bölün. Sonuç göreceli hareketlilik denir. Bu adımı daha hızlı hale getirirse, sizin için aritmetik işlem yapmak için elektronik tablo programını kullanabilirsiniz.
Her standardın göreceli hareketliliğini ve boyutunu elektronik tablo programınıza girin, daha sonra bu eksenin x ekseninde ve y üzerindeki boyutta hareketlilik içeren bir grafik oluşturmak için elektronik çizelge programları grafik aracını kullanın.
Doğrusal olmayan regresyon kullanarak grafiğe bir çizgi yerleştirin. Bunun nasıl yapılacağını bilmeniz gerekiyorsa, elektronik tablo programlarınızın Yardım bölümüne bakın. Bir denklemle bitmelisin, belki aşağıdakine benzer:
y = (0,3) x ^ -2,5
Buradaki x, göreceli hareketlilik olacaktır, y ise boyuttur. Ayrıca denkleminizin üs ve katsayı için tamamen farklı sayılara sahip olabileceğini unutmayın - bu denklem sadece varsayımsal bir örnek olarak verilmiştir.
Numunelerden bandlar için göreceli hareket kabiliyetini alın ve numune bantlarındaki DNA parçalarının boyutunu hesaplamak için x olarak takın.
E-tablo programınız tarafından türetilen denklemin gerçekten y = (0,3) x ^ -2,5 olduğunu ve belirli bir örneklem grubunun göreceli hareketliliğinin 0,68 olduğunu varsayalım. 0.68 yerine denkleminizi yazıp aşağıdakileri bulabilirsiniz:
y = (0,3) (0,68) ^ - 2,5
Hesap makinenizi kullanarak 0,68'i -2,5'e yükseltirsiniz ve aşağıdakileri bulabilirsiniz:
y = (0,3) (2,62)
y = 0.786
bu da numunenizdeki bantlardan birinde DNA'nın kilobaz cinsinden tahmini büyüklüğü olacaktır.
Plazmidler
Bu bölümdeki talimatları kullanmanız gerekebilir veya gerekmeyebilir. Agaroz jel elektroforezi, genellikle bir plazmidin belirli bir insert içerdiğini doğrulamak için kullanılır. Plazmitlerle çalışmıyorsanız, bu bölümü atlayabilirsiniz. Ancak, bu talimatları uygulayabilirsiniz.
Kesilmemiş veya çentikli plazmitlerle çalışıyorsanız, yukarıdaki bölüm 1'deki prosedürü kullanarak boyutu tahmin edemeyeceğinizi unutmayın. Çünkü kesilmemiş ve çentiklenmiş plazmidler doğrusal DNA'dan farklı oranlarda göç eder.
Her şeritteki bant sayısını karşılaştırın. Bir kısıtlama enziminin, kısıtlama alanı olarak adlandırılan belirli bir sekansın meydana geldiği bölgelerde DNA'yı kestiğini hatırlayın. Bir örnek TWO kısıtlama enzimleriyle muamele edilmişse, insert için bir bant ve plazmidin geri kalanı için bir bant mevcut olmalıdır. Bunun nedeni, insertin her biri farklı bir enzim için iki sınırlama bölgesi ile kuşatılmasıdır, bu nedenle bu bölgelerin her ikisindeki kesimler, plazmitten girişi serbest bırakacaktır. Sadece bir bölgedeki bir kesim, aksine, plazmiti doğrusal DNA'ya dönüştürecektir. Kısıtlama enzimi ya da bir kısıtlama enzimi olmayan bir örnek kesimi tek bir bant içermelidir, iki kısıtlama enzimi ile kesilmiş bir örnek ise iki bant içermelidir.
Nicked plasmid DNA tarafından oluşturulan bantlara dikkat edin. Çentikli bir plazmid, sadece tek bir iplikçikte bir kesime sahiptir, bu nedenle kesilmiş bir plazmidden daha yavaş göç eder. Kesilen plazmitler kesilmemiş DNA'dan daha yavaş hareket eder.
Bölüm 1'de açıklanan prosedürü kullanarak ek parçanın boyutunu tahmin edin ve beklentilerinize uygun olup olmadığını belirleyin (deneye bağlı olarak değişecektir).