İçerik
- TL; DR (Çok Uzun; Okumadı)
- Tampon ve Tuz
- Çözücü Deterjanlar
- Şelat Maddeleri ve İnhibitörleri
- Alkali Lizis
Lyse, Yunanca'dan gelen ve yalnızca "ayrılmak" veya "patlamak" anlamına gelen bir kelimedir. Aptly, terimler, bir lizis tamponundaki hücrelere ne olduğu ile ilgilidir, bunların içeriğini çıkarmak için onları açık bir çözümdür. Bilim adamları, özellikle bakteri durumunda, analiz için hücrelerden DNA veya protein çıkarırken liziz tamponları kullanırlar. Hücre lizis tamponu tipi, deney türüne bağlı olarak değişmekle birlikte, aşağıdakiler bazı genel seçimlerdir.
TL; DR (Çok Uzun; Okumadı)
Lizis tamponları açık hücrelerin kırılmasına yardımcı olur, böylece içeriğine erişilebilir veya çıkarılabilir. Bazı örnekler arasında tuzlar, deterjanlar, kenetleme maddeleri ve inhibitörleri ve bazı alkali kimyasallar bulunur.
Tampon ve Tuz
Tamponlar hücreler ayrılırken pH'ı stabilize eder. Tris-HCL, pH 8'de tamponlama için en yaygın kimyasallardan biri olarak durur. HEPES, bu deneylerde başka bir yaygın tampon kimyasaldır. Sodyum klorür tuzu ayrıca iyonik gücü artırabilir, hücrelerin dışındaki toplam çözünen konsantrasyonunu yükseltir. Bu son nokta bazı sulara sahiptir çünkü su hücre zarı boyunca düşük çözünen konsantrasyonlu bölgelerden yüksek çözünen konsantrasyonlu bölgelere kadar yayılabilir.
Çözücü Deterjanlar
Deterjanlar hücre zarlarını eriterler, böylece hücre içerikleri kaçabilir. Sahip olan ve amfipatik moleküler yapı (yani, bir başka ucu hidrofobik veya "sudan korkan" ucun yokken, bir ucu su molekülleri ile kolayca etkileşime giren moleküller). Deterjan moleküllerinin hidrofobik kuyruklarının yağ moleküllerine doğru içe dönük küçük kümeler, miseller oluşturarak yağları çözebilirler. Yaygın deterjanlar arasında sodyum dodesil sülfat veya SDS, NP-40 ve tritonX bulunur.
Şelat Maddeleri ve İnhibitörleri
Lizis tamponları tipik olarak ayrıca etilendiamintetraasetik asit (EDTA) veya etilen glikol tetraasetik asit (EGTA) gibi şelatlama ajanlarını da içerir. Bu kimyasallar metal iyonlarına iki pozitif yük (örneğin, magnezyum ve kalsiyum) ile bağlanır, böylece diğer reaksiyonlarda kullanılamaz hale gelir. Birçok DNAz (DNA'yı parçalayan proteinler) ve proteazlar (diğer proteinleri parçalayan proteinler) fonksiyonlarını yerine getirmek için magnezyum iyonlarına ihtiyaç duyarlar, bu yüzden onları bu ana bileşenden mahrum ederek EDTA ve EGTA, proteaz veya DNAz aktivitesinin seviyesini azaltmaya yardımcı olur. Bununla birlikte tamamen dışlamazlar ve bazı proteazlar magnezyum kofaktörlerine bağlı değildir, bu nedenle lizis tamponları bazen proteaz inhibitörleri olarak adlandırılan ve proteazlara bağlanan ve bunların düzgün şekilde çalışmasını önleyen kimyasallar da içerir.
Alkali Lizis
Bakterilerden plazmitleri saflaştırmak için çok yaygın bir teknik olan alkali lizis, üç solüsyon içerir. Birincisi glukoz, tris-HCL tamponu, EDTA ve RNAzlar içerir. Glikoz, bakteri dışında yüksek oranda çözünen bir konsantrasyon yaratır, böylece biraz gevşek hale gelirler, bu da lize edilmelerini kolaylaştırır. EDTA ve tris-HCL, daha önce tarif edildiği gibi işlev görür, RNAse, hücre dışına çıkmak için hücre içindeki herhangi bir RNA'yı çiğneyecektir. İkinci çözelti aslında hücreleri çözer. Bu, hücre içindeki proteinleri denatüre eden ve DNA'nın tek ipliklere ayrılmasına neden olan pH'ı 12 veya üzerine yükselten SDS deterjan ve NaOH içerir. Üçüncü çözelti, pH'ı daha nötr bir seviyeye getirmek için potasyum asetat içerir, böylece plazmid DNA iplikçikleri bir araya gelebilir. Bu arada, denatüre proteinler yığılmakta ve çökelmekte, dodesil-sülfat iyonları da, çözeltiden çökelen çözünmeyen bir bileşik oluşturmak üzere potasyum iyonlarıyla bir araya gelmektedir.