Wisconsins Üniversitesi BioWeb web sitesine göre, bir PCR primer polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) olarak bilinen bir moleküler biyoloji tekniğinde DNA'nın spesifik bölgelerini büyütmek için kullanılan kısa, sentetik bir oligonükleotittir (genellikle 18 ila 25 baz uzunluğunda). İstenilen DNA bölgesini kuşatmak ve bağlamak için DNA zincirinin ters tamamlayıcısı olarak tasarlanan hem ileri hem de ters primer gerekir. Bilim adamları, DNA'nın belirli bir geninde veya bölgesinde araştırma yapmak istediklerinde, önce çalışacakları hedef bölgeyi elde etmek için PCR yapmak zorundadırlar. Önceden yayımlanmış araştırmalar veya ticari araçlarla henüz mevcut değilse, ilgilenilen bölge için primer sekansların tasarlanması gerekli olabilir.
İlgili genin veya DNA bölgesinin nükleotit sekansını elde edin ve bir parçanın ne kadar süreyle büyütüleceğine karar verin. İleri ve geri astar, istenen parçanın başında ve sonunda bağlanacak şekilde tasarlanmıştır. Tipik olarak, geleneksel PCR yöntemleri 100 ila 1,000 baz çifti uzunluğunda bir bölgeyi çevreleyen primerleri kullanırken, gerçek zamanlı PCR yöntemleri yaklaşık 50 ila 200 baz çifti uzunluğunda fragmanlar kullanır.
Astarların nerede durmasını istediğiniz diziye karar verin. Örneğin, dizinin 5 veya 3 sonuna yakın veya ortada konum isteyebilirsiniz. İstenirse, bir intronun yayılması için primerlerin konumunu belirleyin.
Astar tasarımı için önerilen yönergeleri izleyin. DNA ürününün başarılı bir şekilde yükseltilmesi, primerlerin kalitesine bağlıdır ve bazı değişkenler kritiktir.
Primerleri 18 ila 24 baz uzunluğunda olacak şekilde tasarlayın. Brinkmann Instruments Inc.'den Ph.D.'den Vincent R. Prezioso, bu uzunluğun istenen DNA bölgesine son derece spesifik olacak kadar uzun, ancak kolayca bağlayacak kadar kısa (tavlama) olduğunu göstermektedir. Astar erime sıcaklığı (Tm), 55 ila 80 derece santigrat derece, 90 derece santigrat veya üzerinde tam erime sağlayacak kadar düşük, ancak tavlamaya izin verecek kadar yüksek olmalıdır. GC içeriği (dizideki Gs ve Cs yüzdesi) yüzde 40 ile 60 arasında olmalıdır. Primer sekansın 3 ucu, C ve G'nin (GC kelepçesi olarak adlandırılır) bağlanmasını sağlamak için bitmelidir, çünkü G ve C nükleotitleri daha güçlü bağlara sahiptir, ancak son beş bazda üç veya daha fazla G veya C'ye sahip olmaktan kaçının Dizinin
Dört veya daha fazla bir bazdan (ACCCC ... gibi) veya dört veya daha fazla di-nükleotit tekrarından (ATATATAT ... gibi) kaçmaktan kaçının, çünkü bunlar yanlış karıştırmaya neden olabilir.Primer içi homoloji içermeyen (bir primerin içinde tamamlanan üçten fazla baz) veya primerler arası homoloji (ileri ve ters primerin tamamlayıcı sekanslara sahip olduğu) tasarım primerleri. Bu, primerlerin istenen DNA sekansına bağlanmak yerine kendilerine bağlandığı, kendi kendine dimerlere veya primer-dimerlere neden olabilir.
Primer tasarımında yardımcı olan çevrimiçi kaynakları ve web sitelerini kullanın veya kendi tamamlayıcılık veya saç tokası gibi ikincil yapılar oluşturma potansiyeli için primer sekanslarını kontrol etmeye yardımcı olun. Bazı primer tasarım web siteleri Massachusetts Teknoloji Enstitüsü Primer 3, Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi Primer-Blast ve Entegre DNA Teknolojileri OligoAnalyzer'i içermektedir.