İçerik
Bilim adamları, DNA'yı kurucu nükleotidlerine bölebilir, örneğin bir kişiye genetik bir hastalığı olup olmadıklarını söyleyebilir. Ortak DNA ekstraksiyon yöntemleri, işlemin bir aşamasında izopropanol veya etanol kullanımını içerir. Bununla birlikte, hücreler proteinler ve lipitler gibi birçok molekülü içerir ve bilim adamları doğal olarak mümkün olduğunca saf bir DNA çözeltisi elde etmek isterler.
DNA ekstraksiyon yöntemleri tipik olarak birkaç basamak içerir: hücrelerin açık olarak açılması gerekir, membran lipitlerinin çıkarılması ve DNA'nın proteinlerden, RNA'dan ve diğer kirletici maddelerden ayrılması gerekir. İki tipik protokol, bakteriyel plazmid DNA'nın ekstraksiyonu ve fenol-kloroform ekstraksiyonu için alkalin lizizdir. Her iki yöntemde de, nükleik asitlerin etanol veya izopropanol çökeltilmesi son adımlardan biridir. DNA veya RNA çökeltildiğinde (çözeltiden düştü), su içinde yeniden süspanse edilebilir.
Etanol iyi bir çözücüdür
Hem etanol hem de izopropanol, su ile iyi karışır (karışabilir), ancak sudan daha düşük dielektrik sabitlerine sahiptirler; bu, çözeltide pozitif ve negatif yükleri koruma ve ayrılmalarını sağlama yeteneklerinin çok daha zayıf olduğu anlamına gelir. Örneğin su için dielektrik sabiti 78,5 iken etanol sabiti 24,3'tür. DNA negatif olarak yüklenmiştir, bu yüzden potasyum veya sodyum gibi çözeltideki pozitif iyonlara çeker. Etanolün pozitif yüklü iyonları ve DNA'yı ayrı tutabilmesi için sudan daha fakir bir yeteneği vardır.
Etanol DNA Konsantrasyonunu Artırıyor
Etanol ayrıca DNA'yı başka bir nedenden dolayı daha az çözünür yapar. Etanol molekülleri, su molekülleri ile hidrojen bağı olarak adlandırılan etkileşimler oluşturabildiğinden, DNA'yı hidratlamak için mevcut su molekülleri sayısını azaltır. Bu etki ve düşük dielektrik sabiti arasında etanol temel olarak DNA'nın çözeltide pozitif iyonlarla birikmesine neden olur ve tüpün altında katı veya çökelti oluşturur. DNA'nın çökeltilmesi onu daha konsantre hale getirmeye yarar, çünkü çözeltideki diğer kirleticiler aynı anda çökelmez.
İşlemdeki Ek Faktörler
Etanol yıkama ayrıca, tuzlar ve deterjanlar gibi düşük molekül ağırlıklı kirletici maddelerin uzaklaştırılmasına da hizmet eder. Seçilen tuz, sodyum dodesil sülfat (SDS) deterjanının daha önceki bir aşamadan çökeltilmesi gerekip gerekmediğine bağlı olarak değişebilir; potasyum dodesil sülfat, örneğin çözünmez ve çökelecektir, böylece bir alkalin lizisinde potasyum asetat kullanılması, etanol / izopropanol eklenmeden önce SDS'yi çıkarabilir. RNA'nın çökeltilmesi tipik olarak daha fazla etanol gerektirse de, etanol de aynı nedenlerle RNA'yı çökeltmek için kullanılabilir.