İçerik
- Jel Elektroforezi Nedir?
- Elektroforezin Bileşenleri
- Jel Kalıplama
- Elektroforez Nasıl Çalışır?
- Charge ve Size DNA Bantlarını Belirleyin
- Elektroforez Uygulamaları ve Kullanım Alanları
Sıklıkla DNA elektroforezi veya basitçe elektroforezi olarak da adlandırılan jel elektroforezi, DNA fragmanlarını (ve diğer yüklü molekülleri) büyüklüğüne göre ayırmak için kullanılan bir tekniktir. Bu genellikle parçaları birbirinden ayırmak için agaroz jel ve elektrik yükü kullanılarak yapılır.
Bu tekniğin, DNA, DNA parmaklığı, kriminoloji ve çeşitli tıbbi uygulamaları incelemeyi içeren birkaç uygulaması vardır.
Jel Elektroforezi Nedir?
Jel elektroforezi, bilim adamlarının yüklü molekülleri boyuta göre ayırmalarını sağlayan bir tekniktir. Bu, DNA, RNA ve proteinleri içerir.
Unutmayın, DNA ve RNA, molekülün şeker fosfat omurgasındaki negatif yüklü oksijen molekülleri sayesinde hafif bir negatif yüke sahiptir. Proteinler, polipeptit zinciri içindeki amino asitlere bağlı olarak çeşitli şarjlara sahip olabilir.
Elektroforezin Bileşenleri
Elektroforez yapmak için önce jelin yapılması gerekir. Bu hemen hemen her laboratuarda yapılabilir; agaroz jelleri en yaygın olanıdır. Jeli yapmak için agaroz tozu, elektroforez tamponu adı verilen özel bir tamponla karıştırılır. Bu karışım daha sonra agaroz çözünene ve tampon çözeltide tamamen karışana kadar ısıtılır.
Bazı elektroforez protokollerinin etidyum bromür (Et-Br) ilavesi gerektirdiğini unutmayın. Bu, parçaların UV ışığı altındaki konumunu görmenizi sağlamak için elektroforezde kullanılan herhangi bir DNA'yı boyar.
Jel Kalıplama
Bu daha sonra jel döküm tepsisi adı verilen dikdörtgen bir kalıba dökülür. Elektroforez için kullanılan dikdörtgen şeklindeki jeli oluşturan kalıbın yanı sıra, jelin uçlarından birine bir tarak yerleştirilir. Bu tarak, elektroforez ile ayırmak istediğiniz numunelerin yüklendiği kuyuları yapar. Burada bir resim görebilirsiniz.
Jel sertleştiğinde kuyucuk tarağı çıkarılır ve jel özel bir elektroforez tankına yerleştirilir. Hafif bir tampon tabakası agaroz jelini tamamen kaplayana kadar depoya başka bir tampon doldurulur.
Bu depo, tampon çözeltisi boyunca ve ardından agaroz jeli boyunca bir elektrik akımı (50 ila 150 V arasında değişmektedir) üretir. Agaroz jelin oyukları akımın negatif ucuna yerleştirilir ( katotjelin diğer ucuyla akımın pozitif ucunda ( anot).
Elektroforez Nasıl Çalışır?
Elektrik akımı tankın ve jelin içinden geçmeden önce numuneleriniz kuyucuklara yüklenir. Bu bir mikropipet kullanılarak yapılır. Aynı zamanda bir DNA merdiveni olarak da bilinen bir "işaretleyici" örneği, numunelerinizi karşılaştırmanıza ve test ettiğiniz numunenin boyutlarını anlamanıza yardımcı olabilecek bilinen DNA fragman boyutlarına sahip bir numunedir.
Genellikle boya izleme (ayrıca bir yükleme boyası olarak da adlandırılır), numuneyi kuyucuklara yüklemenize yardımcı olmak için her numuneye eklenir. Boya ayrıca numunelerin jel içerisindeki hareketlerini izlemenize yardımcı olur.
Peki, numuneler gerçekte jelin içinden nasıl hareket eder ve boyuta göre nasıl ayrılır? İle yapmak zorunda elektrik akımı ile birlikte agaroz jel boyunca akıyor parçaların büyüklüğü / yapısı ve agaroz jeli.
Charge ve Size DNA Bantlarını Belirleyin
Unutmayın, genel olarak, DNA yükü olumsuz . Bu yüzden bu örnekler elektrik akımının negatif ucuna yakın olan kuyucuklara yerleştirildiğinde, bu negatif yüklü DNA'nın hareket etmesine neden olur katottan uzak (negatif şarj) ve hareket anot doğru (pozitif ücret) karşı ucunda.
Numunelerin bu hareketinin yanı sıra, elektroforez, bu numunelerdeki numuneleri ve parçaları da boyutlarına göre ayırır. Bunun nedeni ise daha küçük moleküller ve parçalar olabilir daha hızlı hareket et ve jel boyunca daha kolay daha büyük moleküller ve parçalar daha yavaş hareket et. Bu, küçük parçaların jelin sonuna kadar büyük parçalardan daha hızlı hareket edeceği ve sonuç olarak her parçayı boyuta göre ayıracağı anlamına gelir.
Jel yaklaşık bir saat boyunca çalıştırıldıktan sonra (çoğu protokolde), yük kapatılır ve jel analiz edilir. Jel boyunca çeşitli noktalarda sıklıkla DNA bandı veya protein bandı olarak adlandırılan farklı bir dikdörtgen bant göreceksiniz. Her bant, jel boyunca hareket eden bir fragmanı temsil eder.
Elektroforez Uygulamaları ve Kullanım Alanları
Laboratuarda elektroforez için birçok uygulama vardır. İşte sadece birkaçı: