İçerik
Jel elektroforezi, laboratuarda DNA ipliklerini ölçmek ve sıralamak için kullanılan bir yöntemdir. Bu gereklidir, çünkü normal şartlar altındaki DNA, mikroskopların çoğu kullanıldığında bile manipüle edilemeyecek kadar küçüktür. Jel elektroforez laboratuvarı nispeten basit bir prosedür kullanır ve aynı temel teknik, ayrı ayrı proteinleri ayırmak için de kullanılabilir.
Jel Matrisi
Jel elektroforez işlemine başlamak için önce jeli oluşturmalısınız. Tipik olarak, jeller agaroz denilen bir madde kullanılarak ince tabakalar halinde yapılır. Toz haline getirilmiş agaroz bir şişeye yerleştirilir, ardından tampon olarak adlandırılan bir tuzlu su çözeltisi takip edilir. Bu agaroz ve tampon karışımı, iki madde bir arada eriyene kadar ısıtılır, sonra bir biçimlendirici kalıba dökülür. Tarak adı verilen bir cihaz, jel soğumadan önce kalıbın bir ucuna yerleştirilir. Jel soğutulduğunda, tarak çıkarılır ve DNA örneklerini tutmak için kullanılacak küçük yuvalar bırakılır.
Soğutulmuş agaroz karışımının (bir jel matrisi olarak adlandırılan) özel bir özelliği, tuzlu su ile yaratılmış olmasından kaynaklanmaktadır. Elektrik verildiğinde, matris iletken olacak ve elektriğin uzunluğu boyunca akmasına izin verecektir. Jel matrisinin bir başka özel özelliği, düzenli, mikroskobik deliklerin varlığıdır. Bu delikler, DNA iplikçiklerinin jel matrisi boyunca ilerlemesini ve sıralama işlemini kolaylaştırmasını sağlayacaktır.
Elektroforez Odası
Bir sonraki adımınız bir elektroforez odası oluşturmaktır. Bu, her iki ucunda pozitif ve negatif bir elektrik bağlantısı bulunan kablolu küçük bir kutudur. Odalar tipik olarak sığ, masa üstüne sığacak kadar küçüktür ve Pleksiglas gibi berrak malzemelerden yapılmıştır.
Tuzlu su çözeltisi, elektroforez haznesinin tabanına dökülür ve jel matrisi, bu çözeltinin içine hafifçe batırılır. Tuzlu su iki amaca hizmet eder: elektrik akışını desteklemek ve jel matrisini nemli tutmak. DNA negatif bir yük tarafından beslendiğinden, numunelerinizi negatif elektrik bağlantınızın yanına yerleştirmek için matrisinizi yerleştirin.
DNA’yı hazırlama
DNA örnekleri daha sonra hazırlanır. Çözelti içerisindeki DNA'nın görülmesi imkansız olduğu için, her bir numuneye yükleme tamponu denilen bir renklendirme maddesi eklenir. Bu ajan ayrıca DNA çözeltisini kalınlaştırır, daha az akıcı ve daha uygulanabilir hale getirir. Bir pipet kullanarak, jel matrisindeki her bir alternatif yuvaya bir DNA çözeltisi örneği aktarın. Her numune arasındaki boş yuvaya, deneme kontrolü ve karşılaştırması için uzunluğu zaten bildiğiniz (DNA standardı adı verilen) bir miktar DNA çözeltisi yerleştirin.
Gücü aç
Şimdi elektroforez odanı aç. Negatif güç altında, DNA örnekleriniz odanın uzunluğu boyunca zorlanır. Küçük DNA iplikçikleri jel matrisi içinde daha hızlı hareket eder ve kısa sürede kendilerini daha uzun ve yavaş iplikçiklerden ayırırlar. Renklendirici madde içindeki boya, DNA izini takip etmenizi sağlar. Bireysel DNA iplikçiklerini göremeyeceksiniz, ancak aynı uzunluktaki iplikçikler bir araya toplanacak.
Son adımlar
DNA sıralandığında, matris elektroforez odasından çıkarılır. DNA daha sonra kolayca ölçülüp incelenebilmesi için lekelenir.