Moleküllerin yapısı, molekülün diğer bileşiklerle nasıl etkileşime gireceği hakkında bilgi sağladığı için çok önemlidir. Şekil, bileşiklerin donma noktası, kaynama noktası, uçuculuk, madde durumu, yüzey gerilimi, viskozite ve daha fazlasını belirler. Bir bileşiklerin yapısını bir 3D modelde görerek anlamak çok daha kolaydır. Farklı bağlar farklı açılara sahiptir ve bileşikteki farklı elemanlar farklı renklerle temsil edilir. Bir bileşik içerisindeki elementler ve bağlar, bileşik yapının geometrisini daha ileri ve karmaşık hale getirir.
Lewis nokta yapısını kullanarak seçilen molekül yapısını çizin. Lewis nokta yapısı ana unsurları, değerlik elektronlarının sayısını ve merkezi bileşiğe hangi bileşiklerin bağlı olduğunu gösterir.
Her ana bileşiğin etrafında ihtiyaç duyulan açıları belirleyin. Dört bağa sahip bir bileşik, bağları bir tetrahedral düzenlemede 109.5 derece aralığına sahip olacaktır. Trigonal düzlemsel düzende üç bağ, 120 derece ile ayrılır. Ana bileşikten iki bağ doğrusal düzendedir ve 180 derece ile ayrılır.
Strafor topları uygun renklere boyayın. Karbonlu Strafor topları aynı renkte olacak, oksijen Strafor topları başka bir renkte olacak ve hidrojen topları ek bir renkte olacak. Bileşikteki daha farklı elementler daha fazla renk gerekli olur.
Topları Popsicle çubukları veya boru temizleyicileri ile bağlayın. Yapıyı düzeltmek için bileşiğin bağ açılarını kullanın. Tekli bağlar bir boru temizleyici, çift bağ iki boru temizleyici ve üçlü bağ üç boru temizleyici gerektirir. Sağlam bağlantılar için Strafor toplarına yerleştirmeden önce boru temizleyicilerin uçlarına bir miktar yapıştırıcı yerleştirin.