İçerik
Jel elektroforezi, DNA'nın kurucu molekülleri düzeyinde analiz edilmesini sağlayan bir tekniktir. Bu DNA görselleştirme yönteminde, numuneler bir agaroz jel ortamına yerleştirilir ve jele bir elektrik alanı uygulanır. Bu, DNA fragmanlarının elektrokimyasal özelliklerine uygun olarak jel boyunca farklı oranlarda geçmesine neden olur.
Ethidium Bromide
Bu görselleştirme tekniği için etidyum bromür, elektroforezden önce jel matrisi oluşturmak üzere agaroz tozu, EDTA tamponu ve suyla karıştırılır. Sonuç olarak, etidyum bromid molekülleri matris boyunca düzgün bir şekilde dağılmış hale gelir. Jeller kuyuları ilgili DNA numuneleri ve izleme boyaları ile doldurulduktan sonra, büyük, polar bileşikleri matris boyunca yavaşça çekmek için voltaj uygulanır.
Bu hareket sırasında, DNA moleküllerinin bazları etidyum bromür yükü sayesinde parçacıklara geçici olarak bağlanır ve bunları sürükler. Jel elektroforezi tamamlanınca, her DNA molekülü önemli miktarda etidyum bromür elde etmiştir.
Ultraviyole ışığının varlığında, etidyum bromür floresans sergiler. Bir makine parlayan parçaların resmini yakalarken, teknisyenler jel boyunca özel olarak ayarlanmış bir UV ışığı parlatır.
Metilen mavisi
Bir UV transillüminatörü mevcut değilse veya pratik değilse, teknisyenler, gece boyunca metilen mavisi bir çözeltinin içinde elektroforezlenmiş DNA ile bitmiş agaroz jelini ıslatarak DNA'yı normal şartlar altında görünür hale getirebilir.
Önemli derecede hidrofobik bir anyonu olan metilen mavisi molekülleri olan bir klorür tuzu jel matrisinin tamamına nüfuz eder. Bununla birlikte, DNA boyunca hidrojen bağı, leke moleküllerinin birikmesine neden olur. Bu artan DNA leke yoğunluğu, çıplak gözle görülebilen daha derin bir mavi gölge verir.
İzleme Boyaları
DNA bantlarının nispi boyutunun ötesinde, teknisyenler, takip boyaları adı verilen kimyasalları kullanarak her bir parçanın mutlak boyutunu (baz çiftlerinde) ölçebilirler. Metilen mavisi veya etidyum bromür ilavesi olmadan görülebilir, bromofenol mavisi ve ksilen siyanol gibi izleme boyaları, sırasıyla 300 nükleotit ve 4.000 nükleotitten oluşan DNA fragmanları ile aynı hızda elektroforez sırasında arajen jel matrisleri boyunca hareket eder. Elektroforezde, daha büyük DNA parçaları, jel matrisi boyunca daha küçük parçalardan daha yavaş bir hızda ilerler. Bu nedenle, izleme boyaları, DNA fragmanlarının görünürlüğünü doğrudan etkilemezken, jel içindeki bir DNA fragmanının konumunu bu boyaların pozisyonuyla karşılaştırmak, teknisyenlerin DNA fragmanının içerdiği yaklaşık nükleotit sayısını "görmesini" sağlar.