İçerik
- Elektroforez Sınırlı Örnek Analizine Sahiptir
- Elektroforez Ölçümleri Kesin Değil
- Önemli Başlangıç Örneği Gerekli
- Sadece Bazı Moleküller Görüntülenebilir
- Elektroforez Düşük Verimdir
Jel elektroforezi, biyolojik moleküllerin birbirinden ayrıldığı ve biyolojik araştırmalarda veya tıbbi teşhislerde tanımlandığı bir tekniktir. 1970'lerde geliştirilmelerinden bu yana, bu teknikler araştırmanın ilgilendiği genleri (DNA) ve gen ürünlerini (RNA ve protein) tanımlamakta paha biçilmezdir. Son yıllarda, canlı sistemlerde neler olduğuna dair daha fazla özgünlük ve ayrıntı veren yeni teknikler ortaya çıkmıştır. Bunlar elektroforez tekniklerini desteklememiş olsa da ve gelişmiş manipülasyonlar tekniğin uygulanabilirliğini artırabilirken, jel elektroforezinin neler yapabileceğini ve yapamayacağını anlamak önemlidir.
Elektroforez Sınırlı Örnek Analizine Sahiptir
Elektroforez, örneklediğiniz dokuya özgüdür. Örneğin, bir yanak çubuğu üzerinde bir Southern blot (bir çeşit elektroforez) çalıştırırsanız, yanağınızın epitel hücrelerindeki ve vücudunuzdaki hiçbir yerde olmayan genlere bakarsınız. Bazen, bu yararlı olabilir, ancak araştırmacılar daha yaygın etkilerle sıklıkla ilgileniyorlar.
Yerinde hibridizasyon (ISH) gibi teknikler bir doku kesiti alabilir ve bu numunenin her küçük alanında gen ekspresyonunu analiz edebilir.Bu nedenle, araştırmacılar ISH ile bir örnekteki her beyin alanına bakabilir, oysa elektroforez teknikleri bir anda sadece birkaç alana bakabilir.
Elektroforez Ölçümleri Kesin Değil
Jel elektroforezi, benzer proteinleri farklı ağırlıklar ile etkili bir şekilde ayırabilir (bu Western blot adı verilen bir tekniktir). Onları 2d elektroforezi olarak bilinen bir teknikle daha kesin olarak ayırabilir; bu proteomikte yaygındır.
Ne yazık ki, bu teknikten yapılan tüm ölçümler en iyi ihtimalle yarı niceldir. Proteinlerin kesin kütlesini (ağırlığını) elde etmek için, protein elektroforez ile saflaştırıldıktan sonra kütle spektroskopisi kullanılmalıdır. Ayrıca, farklı moleküllerin nispi miktarlarının karşılaştırılması, jel üzerindeki farklı noktaların bant yoğunluğuna (karanlık) dayanır. Bu yöntem bir dereceye kadar hataya sahiptir ve örnekler temiz sonuçlar almak için genellikle birden çok kez çalıştırılır.
Önemli Başlangıç Örneği Gerekli
Elektroforez, farklı biyomolekülleri izole etmek ve görsel olarak tanımlamak için kullanılan bir tekniktir. Bu, farklı ağırlıklardaki yüklü molekülleri ayırmak için jelin içinden elektrik akımı geçirilerek yapılır. İlgilendiğiniz molekül yeterince yaygın değilse, grubu neredeyse görünmez ve ölçülmesi zor olacaktır.
Elektroforez çalıştırmadan önce DNA ve RNA bir şekilde çoğaltılabilir, ancak bunu proteinlerle yapmak pratik değildir. Bu nedenle, bu tahlilleri yapmak için büyük bir doku örneğine ihtiyaç vardır. Bu, özellikle tıbbi analizlerde tekniğin faydasını sınırlayabilir. Tek bir hücreden örnekler üzerinde elektroforez yapmak neredeyse imkansız; akış sitometrisi ve immünohistokimya, proteinlerin hücre bazında ekspresyonunu değerlendirmek için daha yaygın olarak kullanılır. PCR adı verilen teknik, küçük miktarlarda RNA'nın tam olarak ölçülmesinde mükemmeldir.
Sadece Bazı Moleküller Görüntülenebilir
Elektroforez, orta ila büyük boyutlu biyomoleküllerin ayrılmasında ve tanımlanmasında mükemmeldir. Bununla birlikte, araştırmacıların bakmak istediği moleküllerin çoğu daha küçüktür; küçük hormonlar, nörotransmitterler ve iyonlar elektroforez ile ölçülemez. Bu iki nedenden ötürü: elektroforez preparasyonu ile (genellikle SDS PAGE olarak adlandırılan bir teknik) düzgün şekilde reaksiyona girmezler, ve olsalar bile, düzgün şekilde ayrılmayacak kadar küçüktürler ve jelin tabanını dışarı akıtırlar. Bu moleküller bunun yerine RIAA'lar (radyo immünolojik testler) ve ELISA'lar (enzime bağlı immünosorbant tahlili) gibi tekniklerle ölçülür.
Elektroforez Düşük Verimdir
Jel elektroforezi genellikle düşük verimlidir, yani özellikle hızlı bir şekilde veri üretmez. Aynı anda binlerce örneği değerlendirebilecek PCR (polimeraz zincir reaksiyonu) ile aynı anda küçük bir avuç RNA molekülüne bakabileceğiniz kontrast elektroforezi. Benzer şekilde, akış sitometrisi binlerce bireysel hücreden ölçüm alabilir ve karmaşık korelasyonlar yapabilir, elektroforez hücrelere toplu olarak bakar ve böyle ince ayrımlar yapamaz. PCR ve akış sitometrisi sırasıyla büyük ölçüde paralel ve seri süreçleri temsil eder ve her ikisi de elektroforezin araştırma verilerini üretme kabiliyetlerinin çok üstündedir.